Formelt set var den kristne kirke ét i de første mange århundreder. Paven i Rom var kirkens centrale leder, men embedet som kirkeleder i Konstantinopel, der havde overtaget Roms plads som hovedby i Romerriget i år 330 og fået tilnavnet ”Det andet Rom”, blev stadigt mere vigtigt.

Kirken i den østlige del af Romerriget bevægede sig gradvist væk fra kirken i den vestlige del af Romerriget. Kirken splittedes i 1054, formelt på spørgsmålet om Guds sande natur, men reelt nok snarere på grund af kirkesyn, kultur og sprog. Efter kirkesplittelsen fik patriarkatet i Konstantinopel formelt myndighed over den ortodokse kirke i verden, mens paven fastholdt myndigheden over den katolske kirke.

Den ortodokse kirke anerkender dog fortsat paven som et ceremonielt overhoved for hele den kristne kirke.

Den ortodokse kirke er organiseret som en slags føderation af mere eller mindre uafhængige kirker i Østeuropa, Rusland, Balkan og Grækenland og Mellemøsten. Kirkerne deler troslære og teologi. Ikke alle ortodokse kirker anerkender patriarken i Konstantinopel.

Forskellen i teologi mellem den ortodokse og katolske kirke er begrænset. Begge kirker anerkender de syv sakramenter: dåb, konfirmation, nadver, skriftemål, de syges salvelse, ægteskabet og præstevielsen. Det vigtigste spørgsmål, der skiller de to kirker, er ifølge patriark Bartholomæus I synet på paveembedets overhøjhed og ufejlbarlighed.