Faderhuset blev grundlagt i 1990 af ægteparret Knut og Ruth Evensen, der siden 1970erne har været aktive i kristent arbejde, blandt andet Unge kristne og Kristent Center i København.
Faderhuset ledes af fem personer, herunder ægteparret Evensen og deres søn Simon Peter Evensen, som i dag er Faderhusets pastor. Ledelsen er inspireret af fremgangsteologien, også kaldet trosbevægelsen, der siger, at den rigtige tro på Gud giver fremgang i livet både helbredelsesmæssigt og materielt.
En vigtig del af Faderhuset er husmenighederne, der er åbne hjem, som fungerer som kirke i lokalområdet. Der har i flere år været tradition for, at medlemmerne flyttede sammen i bofællesskaber i Faderhuset, men de fleste familier har i dag egne hjem. - I 1994 startede ægteparret den kristne friskole Samuelskolen. I 2005 mistede friskolen sit statstilskud, og i 2006 lukkede den efter lang tids tovtrækkeri og beskyldninger om tungetale og djævleuddrivelse i undervisningen.
I 1998 overtog Ruth Evensen ledelsen af Faderhuset, som gennemgik en radikal kursændring. Det førte til, at omkring 60 medlemmer valgte at forlade menigheden, i protest mod ledelsen. Ifølge Ruth Evensen har Faderhuset omkring 120 medlemmer andre taler om 30-40 medlemmer.
Faderhuset adskiller sig fra de store klassiske frikirker som Metodistkirken eller Baptistkirken ved ikke at være tilknyttet en større frikirke eller bevægelse. Desuden tager flere andre frikirker afstand fra Faderhusets fremgangsteologi og arbejdsmetoder.
I 2001 købte Faderhuset alle aktier i Human A/S, som havde købt Ungdomshuset af Københavns Kommune. En lang retssag fulgte om, hvorvidt Faderhuset havde ret til at smide husets brugere på gaden. I august 2006 vandt Faderhuset sagen.
Den 5. Marts 2007 blev Ungdomshuset revet ned.
Faderhuset har nu planer om at åbne et kristent folkeligt kulturhus på stedet.