Den 15. april 1940 udtrykte Kaj Munk i Nationaltidende, hvad der ikke måtte siges, i form af digtet „Til Kongen“. Heri skrev han bl.a.:
Dit Smil er borte. Men dit lyse Øje ser over Riget – ikke længer frit, men stadig dit, dets Kaar er ogsaa dine. Naar Danmarks Tunge taler allerstærkest, saa taler den i Salmetone til os. Fra Salmebogen ved vi, at det ogsaa kan være Daad at tie og at bie. Det Bispeord er nu et Kongeord. At tie og at bie, tro i Hjertet mod det, vi alle ved nu er os dyrest. I troen til, at den, der ret kan bie, skal ogsaa faa at se Opfyldelsen. Goddag, Kong Christian, ja, god Atterdag.
I dette digt får Munk sagt, at vi ikke er frie, og det måtte man ikke sige. Med henvisning til Ribe-bispen H.A. Brorsons salme „Her vil ties, her vil bies“ får han samtidig opfordret danskerne til at stole på, at retten til frihed til sidst vil blive opfyldt, ligesom duen i salmen endeligt lod sig skue med „olieblad“, for da er „Stunden næsten oprunden, næsten oprunden, som gør dig glad“.
Sluttelig leverer han en henvisning til Valdemar Atterdag, der genskabte det selvstændige Danmark, efter at Niels Ebbesen i 1340 havde gjort oprør og hugget hovedet af den tyske grev Gert.
Kaj Munk havde sagt, hvad der ikke burde siges højlydt. Derfor opfordrede præsten i Sønderborg ham til alligevel ikke at komme og holde den aftalte prædiken på Dybbøldagen den 18. april, hvortil Munk svarede, at nu var det nok så vigtigt, at han kom. Det gjorde han og holdt ifølge flere tilhørere en modstandsprædiken. Bagefter læste han ved kaffebordet op af folkevisen om Niels Ebbesen.
Den blev udgangspunktet for talrige foredrag, han derefter holdt næsten overalt i riget, og endte som hans skuespil Niels Ebbesen, der udkom den 9. april 1942 med dedikation til „Vort unge Mandskab af 9. April“. Bogen blev straks beslaglagt efter en kendelse i byretten den 8. april, men 14.000 eksemplarer ud af et oplag på 15.000 var dog forinden blevet distribueret til boghandlerne bl.a. ved hjælp af den unge frihedskæmper Christian Ulrik Hansen. Han havde taget initiativet til, at Kaj Munk den 28. januar 1941 havde læst Niels Ebbesen op i Viborg.
Christian Ulrik Hansens „uskrømtede hengivenhed for Kaj Munk var der i forvejen, men fik et formidabelt løft efter denne succesrige aften“, fortæller hans kammerat Elith Olesen i sin bog Jeg har levet mit liv i lyset, 2001, om denne dynamiske og karismatiske modstandsmand, der i december 1943 havde besøgt Munk i Vedersø og den 23. juni 1943 blev henrettet i Ryvangen.
Salmen „Her vil ties, her vil bies“ og Bibelens krav til de troende om at „oppebie“ for at være klar, når Herren kalder, lagde Munk på Kristi himmelfartsdag 1940 til grund for den prædiken, Jyllands-Posten trykte den 12. maj på forsiden under overskriften: „Oppebie“.
I denne prædiken fraråder han danskerne såvel at gå til modstand, for de vil bare blive hugget ned „af Ypperstepræstens Tjenere“, som at give op eller udnytte situationen ved at krumme ryggen og sleske „for de høje Herrer i Jerusalem, det giver Bonus, og Bonus er bedre end Ære og Samvittighed; bare ikke være Idiot!
Pokker skulde hænge sig, saa længe man har tredive Sølvpenge paa Haanden!“ Munk fraråder såvel aktiv modstand som defaitisme og samarbejde. Hans råd er derimod at udvise „det mindst heroiske og største af al Slags Mod, nemlig Taalmodet“. Det mod udviste disciplene, da de forstod at vente, indtil „Gud sendte bud til dem: Nu er Tiden inde. Og de stod op, og en ny Kraft bar dem, og hans Finger viste dem vej, og fortrøstningsfulde gik de i Gang med Arbejdet, at bygge det nye Rige“. Hans opfordring var således at vente til dagen er inde og ikke spilde blod i utide, for den dag vil der være brug for alle.
Indtil da må de hverken give op eller indgå i samarbejde med besættelsesmagten. Derfor opfordrer han ungdommen til at holde krudtet tørt og afholde sig fra „at give efter for Presset i sit Blod, atter en Gang at stole paa egen Kraft og springe ud paa Gaden“, for det betyder kun, at de bliver dræbt og ikke kan være med, den dag det gælder.
Den 28. april bragte Jyllands-Posten Munks kronik „Foraarets Fugle“, hvori fuglene taler med og om hinanden.
Om storken siger gråspurven: „han stikker af, naar det begynder at knibe, og kommer igen, naar Faren er ovre. Er det dansk?“ hvorimod svanen og jeg „er her og passer vort Arbejde og bliver paa vor Post … her er mit Hjem, her har Gud sat mig til at være, og det er jo nok“, slutter gråspurven.
Den 7. maj bragte Nationaltidende på sin forside Munks artikel „Mens vi venter“. I den går han ind i debatten om skylden for besættelsen:
„… vi har alle Medskyld. De af os, der saa, hvor det bar hen, har desto tungere Skyld. Ogsaa vi var smittet af Slendrian og Det-gaar-vel-i-denne-Konges-Tid. Vi protesterede, men naar det nu ikke var nok at protestere, skulde vi have skreget, og naar det ikke var nok, skulde vi have skudt“.
Nu opfordrer han til at tro på, at dette ikke er enden på Danmarks historie, og til at holde nerverne i ro og „afstaa fra Handling i Utide, for des mere at være rede i Tide“. Nu drejer det sig om „Udholdenhed“, hvormed han mener at have „Herredømmet over Nerverne“. Han tager skarp afstand fra dem, der vil behage tyskerne og sammenligner dem med hunde:
"De var skrappe til at glamme før; nu piber de og logrer med Halen og svajer Ryggen og gør sig til. Vi kaster et Blik hen over dem, iskoldt med Foragt. Vi ved, det hører med til vor Prøvelse, at vi foreløbig skal have dem til at forpeste Luften for os. Foreløbig. Men vi har strejfet dem af med vort Blik og noteret dem i vor Hukommelse. De skal sande en Dag, at den alt for kloge gaar det værre end den dummeste“. Artiklen slutter med hans digt „Danmark“, hvori han til sidst fastslår: „og aldrig skal Danmark dø,/ saalænge som Stjernen spejler/ sin Pragt i den dybe Sø.“
Munks prædiken og digt i avisen medvirkede til, at tyskerne krævede Nationaltidende underlagt tysk censur og ikke blot Pressebureauets tilsyn. De anklagede avisen for at være „uvenlig mod de Fremmede i Landet“ og udvise en „tyskfjendtlig Holdning“, oplyste redaktionssekretær Helge Jensen i et brev til Kaj Munk af 3. juni 1940. Derfor måtte avisen desværre afstå fra at bringe en ny artikel af Kaj Munk.
Pressebureauet havde afvist den, beklagede Helge Jensen, „for det er efter min Mening katastrofalt ikke alene for Nationaltidende, men ogsaa for Landet, at De, Kaj Munk, ikke kan komme til Orde som sædvanlig“. Den 13. juni oplyser han i et nyt brev til Kaj Munk, „at det er ikke tysk, men dansk Censur, vi er underkastet“, og denne censur krævede så mange strygninger og rettelser i Munks artikel, at man helt opgav at bringe den.
Aviserne var helt opmærksomme på, at der blev holdt godt øje med dem. Det oplevede Kaj Munk, da han den 28. juli 1940 holdt sin berømte og berygtede Ollerup-tale, hvori han både kritiserer det danske demokrati for at have svigtet ved besættelsen og opfordrer til at behandle tyskerne med kulde.
Dagen efter stod et referat af talen i Svendborg Avis, hvori kun kritikken af parlamentarismen og demokratiet var taget med, mens Munks tysk-kritiske udfald var udeladt. Det skyldtes, at bladets redaktør havde sendt sin referent, H.C. Nielsen, til mødet med udtrykkelig besked om kun at citere Munk for, hvad der ikke gav vrøvl med censuren, forklarede H.C. Nielsen den 25. april 1946 i Information: „Ak nej, der er meget, man ikke kan skrive i en legal Avis, naar sømbeslaaede Støvler tramper hen over Landet … og Parolen er Loyalitet mod en Stauning-Regering“.
I sine artikler koncentrerer Munk sig i denne ventetid om at appellere til danskernes sindelag. Det samme gjorde de folkelige bevægelser med alsang og algang og Dansk Ungdomssamvirke, hvori de forskellige politiske ungdomsorganisationer og idrætsforeninger i fællesskab arbejdede på at beskytte ungdommen mod de nazistiske og antidemokratiske fristelser.
Men for Munk var det kristendommen og danskheden, det gjaldt om at sikre og styrke hos de unge og ikke så meget et politisk system. Derfor støttede han denne sommer højskoleforstander Niels Bukhs gymnastikpædagogiske ungdomsarbejde på Ollerup Højskole og foreslog, at Bukh blev ungdommens minister i artiklen „Lad der ske noget – – –“ i Nationaltidende for den 1. september.
Siden gik Bukh for langt til højre, og Munk fulgte ikke med, men først og fremmest var artiklen en opfordring til ikke blot at tie og bie, selv om vi på mange områder næppe kan „foretage os noget for Landet gavnligere end netop at tie og bie“. For tiden kan bruges til at „samles for at værne og øge de danske Værdier, der under alle Forhold og til alle Tider skal bestaa“. Nu skal der „Samling, Samling, Samling. Om det danske“. I samme ånd opfordrede han i Nationaltidendes serie om „Vor danske Arv“ den 11. september til, at „vi skal samle os i den højere Enhed, som hedder det unge, det nye Danmark, der vokser og gror“, og sluttede: „Naar Havgangen gaar, og Stormen blæser, kan det være nødvendigt at sætte noget i Gang. Saa spæder vi Posten. Saa henter vi det rigtige op … Og det var der!“
Dengang havde de store landsdækkende aviser hver sin juleudsendelse i Statsradiofonien. Den 16. december udsendtes Nationaltidendes, hvortil Kaj Munk bidrog med en af sine smukkeste salmer, „Syng om Freden, Guds Engle“. Samme avis bragte den 24. december 1940 hans prædiken, „Jule-Evangeliet“. Den fik Meissner og Eskelund til at indklage ham for Pressenævnet, skønt det er meget svært at se, hvad de klagede over. Det havde Eskelund faktisk også svært ved at se. I en redegørelse af 4. januar om sin samtale med Meissner oplyser han, at Meissner både havde besværet sig over, at der var for mange jøder ansat på Nationaltidende, og over en artikel af Kaj Munk: „Jeg bemærkede, at det næppe vilde være muligt at faa Pressenævnet til at dømme Nationaltidende for Kaj Munks Artikel“.
Det var det da heller ikke. Til gengæld opnåede Meissner tre måneder senere at få journalisten Bertel Bing fjernet fra det politiske stof på bladet. De skulle måske snarere have klaget over Kaj Munks artikel „Et haardført og nøjsomt Danmark“ i samme avis for den 12. december 1940, hvori han kritiserer Staunings og Christmas Møllers Danmark i 1930’erne for dets materialisme, misbrug af offentlige midler og svigt af forsvaret og arbejdsløsheden, som beviser, at „Erhvervslivet ikke er sundt. Nu maa danske Arbejdere for at tjene Føden rejse ud af Landet“.
Ikke desto mindre maner Kaj Munk til sammenhold omkring politikerne og regeringen, selv om de er „Fortidens Mænd, der ikke kan lade være med at rekvirere Vandfade. Men de faar ikke Hænderne rene alligevel. De taler til os om Samlingsregering.
De forlanger, at vi alle i Enighed tropper op bag den Regering, vi nu har. Det er vi rede til. Men de maa ikke gøre os det for svært … Vi vil godt have de Mænd til at føre os, der hidtil har ført os; vi er ikke saa mange og saa rige og saa glubende i lille Danmark, at vi har Raad og Sind til at skyde Landsmænd ned. Men vi kræver af disse Mænd, hvis vi skal fortsat bruge dem, at de maa have lært noget … Lad os forberede et nyt Danmark, som er det gamle renset og styrket“.
Dette budskab forsvandt straks ud af debatten, der i stedet kritiserede Kaj Munk for hans angreb på Christmas Møller. Denne var den 3. oktober 1940 på tysk foranledning blevet presset ud af regeringen. Kaj Munk tog kritikken til sig og ændrede sit syn på Christmas Møller. Da Niels Ebbesen blev beslaglagt, var det just Christmas Møller, han opsøgte i dennes hjem for at drøfte situationen.
Budskabet om sammenhold og støtte til samlingsregeringen trods politisk uenighed fastholdt Munk i det store og hele frem til 1942. Dette var ganske i tråd med opfordringerne i den illegale presse og i BBC’s udsendelser til Danmark. Samtidig opfordrede han til at gøre sig klar til opgøret. F.eks. mindede han i september 1941 de sønderjyske studenter i fraktionen Heimdal i Studenterforeningen om, at man inden en storvask lægger tøjet i blød.
Og han fortsatte med at hylde Kong Christian som symbolet på det Danmark, der atter skulle blive frit. I 1941 udsendtes i 700 eksemplarer digt-antologien Kongen han rider. Digte til Hans Majestæt Kong Christian X, hvis tre sidste digte er Munks „Til Kong Christian“ fra Nationaltidende den 15. april 1940, „Den danske Kongekrone“ fra Jyllands-Posten den 23. februar 1941 og „Bøn for Kongen“ fra Nationaltidende den 26. september 1941. Ved at hylde kongen markerede man samlingen om det danske, hvilket danskerne gjorde ved at bære et kongeemblem i knaphullet.
Opfordringen til sammenhold trods uenighederne gentog han den 15. marts 1942 i artiklen „Sammenholdet“ i Jyllands-Posten, for det vigtigste var at holde sammen om at få tyskerne ud. Men opbakningen til regeringen blev ham sværere og sværere, fordi den medvirkede til for meget.
I modsætning til regeringen ville han ikke have noget med tyskerne at gøre. De skulle ud igen, og indtil det skete, skulle de mødes med isnende kulde, sagde han i sine taler. Derfor var han stærkt utilfreds med det samarbejde mellem tyskere og danskere, regeringen straks iværksatte med oprettelsen af den dansk-tyske forening, og ville ikke have noget med dennes medlemmer at gøre.
Regeringen var til gengæld stærkt utilpas ved Kaj Munk. Den opfattede ham som en „opvigler“ og frygtede, hans udtalelser kunne få tyskerne til at indskrænke de danske friheder.
Kirkeminister Vilhelm Fibiger fik i opdrag at mane ham til ro.
Det lykkedes ikke, og bl.a. fordi Fibiger ikke havde afskediget Kaj Munk, blev han af tyskerne presset ud af regeringen ved regeringsomdannelsen den 9. november 1942.