Politiske meldinger om, at præster i den danske folkekirke skal tvinges til at vie homoseksuelle, er af teologer fra begge fløje blevet skarpt kritiseret som et brud med den særlige danske frihedsforståelse.
Samvittighedsfrihed er den frihed, som samfundet tilstår den enkelte til at handle efter sin samvittighed. Samvittigheden defineres traditionelt som den enkeltes ”samviden” med en etisk/moralsk instans – for eksempel Gud – og som sådan er samvittigheden et kollektivt fænomen, men den er også en privat instans, der kan vejlede den enkelte i trods mod omgivelserne.
Udtrykket samvittighedsfrihed optræder på dansk første gang hos historikeren Ludvig Holberg i betydningen religionsfrihed, og som oftest anvendes udtrykket i forbindelse med religiøse forskrifters konflikt med samfundsordenen som sådan.
Hvis man handler efter sin samvittighed mod loven, er der pr. definition tale om civil ulydighed. Historisk er samvittighedsfriheden typisk blevet tilvejebragt ved lov, efter et problem er blevet bragt til offentlighedens opmærksomhed ved civil ulydighed. Mest kendt er antagelig spørgsmålet om militærnægtere, der netop ofte afviser at opfylde deres lovbefalede – i Danmark sågar grundlovsbefalede – værnepligt med henvisning til samvittigheden. Hvad der oprindeligt var civil ulydighed og strafbart er nu i mange lande gjort lovligt, i Tyskland endda defineret som en borgerlig rettighed.
Et af de kendte hjemlige eksempler på den civile ulydighed som grundlag for samvittighedsfrihed er baptisternes mission i Danmark fra slutningen af 1830’erne. Den enevældige lovgivning betragtede dåb og konfirmation som en nødvendig forudsætning for at kunne blive betragtet som fuldgyldig undersåt og retssubjekt, og der var dåbstvang med en kort tidsfrist efter barnets fødsel. De første danske baptister var derfor i sagens natur barnedøbt, mens deres børn igen i overensstemmelse med baptisternes dåbssyn skulle vente, til de selv blev voksne. I dette tilfælde greb baptisterne altså til civil ulydighed. På den anden side var der uenighed blandt myndighederne om, hvordan man skulle gribe sagen an, og især grundtvigianerne var imod håndhævelsen af tvangsdåben, som i yderste konsekvens skulle finde sted som en fogedsag.
Enden på historien blev som bekendt, at Grundloven i 1849 indførte religionsfrihed, og at baptisterne derfor fik frihed til at følge deres samvittighed. Den borgerlige retsvirkning af dåb og konfirmation blev dog først ophævet gradvist i de følgende årtier, og kirkelig vielse var stadig den eneste mulighed for medlemmer af folkekirken, der ønskede at indgå ægteskab. Den borgerlige vielse blev indført i 1851 som en nødforanstaltning, for så vidt en af parterne stod uden for folkekirken.
Det indebar foruden en manglende valgfrihed for brudeparrene også, at præsterne var tvunget til at vie dem, der kom til dem. I et indlæg i Kristeligt Dagblad den 17. juni 1898 skrev en ”H.J.”, at præsterne var tvunget til at indrette sig efter, ”hvad de tilfældige Ægtefolk bestemte sig for, og havde ikke selv nogen Valgfrihed efter deres egen Samvittighed, det vil sige eftersom de fandt deres egen Samvittighed bundet af Gud Ord eller ikke”. Da borgerlig vielse blev indført som en mulighed for alle i 1923, var det altså ikke kun et hensyn til borgernes valgfrihed, men også til præsternes samvittighedsfrihed.
Da nogle præster i 1990’erne begyndte at foretage, hvad der blev kaldt gudstjenestelige markeringer af registrerede partnerskaber, var der tale om en slags civil – eller tjenstlig – ulydighed, fordi de blev foretaget uden tilladelse, indtil kredsen af biskopper i 1997 åbnede for muligheden med den begrundelse, at man i folkekirken burde indrømme hinanden samvittighedsfrihed i dette spørgsmål.