Erik Rostbøll voksede op i Aarhus i et hjem med en grundtvigsk kristendomsforståelse. Han er oprindelig historieuddannet og kom i 1949 til Norge, hvor han studerede litteratur og idéhistorie ved Oslo Universitet. Han skrev kronikker i aviserne Aftenposten og ved Morgenposten, hvor han blev fast medarbejder.
Han debuterede i 1953 med romanen "Og Hanen galede anden gang". I den anledning skrev Kristeligt Dagblads litteraturanmelder provst Vagn Riisager i sin anmeldelse blandt andet disse rosende ord: "Det er saa afgjort den betydeligste kristelige roman herhjemme, siden Jakob Knudsen døde."
Siden har han blandt andet skrevet rejsebøgerne "Ungarnske Vidnesbyrd" og "Den hellige Elendighed". Han skrev også et skuespil, "Besøgstid", som blev opført på Aarhus Teater i 1961. I 1980 skrev han "Buddhismen".
I 1964 fik han en opfordring fra Roskilde Stifts daværende biskop til at blive præst i folkekirken og kom derfor til Magleby på Møn. Siden var han præst i Sorgenfri nord for København og på Refugiet Fuglesang på Lolland. Her skulle digterpræsten have været i sit es, men var blevet skilt for anden gang og rejste til Norge for at opsøge ensomheden. Da han var på fode igen, blev han sognepræst i Esbønderup Kirke, hvor han mødte sin nuværende hustru, Kirsten Høyrup.
1985-1995 boede Rostbøll i England og virkede som luthersk præst ved det økumeniske center Hengrave Hall i Bury St. Edmund. Siden 1995 har han været fast bosat i det Norge, som han har et livslangt forhold til. Her virkede han som vikarpræst i Valdres Provsti indtil 2006.
Erik Rostbøll opførte sammen med sin hustru på sin egen grund kirken Noas Ark, som i 1995 blev indviet af Hamars biskop. Han holder månedlige ?åbent hus"-gudstjenester med efterfølgende foredrag primært over Grundtvigs salmeskat.
I 2004 udkom den delvis selvbiografiske livsskildring "Når Tiden er inde. Et indblik".